Při základní doporučené dávce (děti cca 250 mg, dospělí cca 750 mg) nebyly zjištěny žádné kontraindikace. Omega-3 ve vyšších dávkách, cca od 1000 mg již působí na ředění krve a jejich užívání se doporučuje vynechat alespoň 3 týdny například před porodem nebo operací.
